Do roku 1907 nebyl ve Varnsdorfu a okolí žádný fotbalový oddíl. Proto se sportovní nadšenci sešli 13. dubna 1907 v kavárně Wendler (později Hotel Praha) na ustavující schůzi přípravného výboru, aby založili Německý fotbalový klub (DFC). Předsedal Ernst Ehrmann, dalšími účastníky byli pánové Eger, Richter, Wiener, Pimsenstein, Beran, Frank jun., Fink, Kupetz, Schwelb, Böhm a Strobach. Tito byli od samého začátku v čele dění. Později je doplnili MUDr. Rudolf Thierfeld (na snímku) a Eduard Braunseis. S velkým nadšením se všichni pustili do práce. Julius Pimsenstein a Dr. Thierfeld měli sportovní zkušenosti z DFC Praha.
První zápas se odehrál v Liberci proti městskému sportovnímu klubu a skončil porážkou 3:0. Následovaly další zápasy a všechny byly přínosem. Výbor spolupracoval s představiteli škol, aby si klub rozšířil základnu. Bylo jasné, že „Wernerova louka“ (nacházela se zhruba pod tenisovými kurty v místech současné panelové zástavby) jako sportovní plac nebude stačit. Na návrh MUDr. Thierfelda bylo sportovní hřiště u hlavního nádraží pronajato od přádelny Haebler (dnešní Velveta). Úprava hřiště stála oddíl tehdejších 3800 Kr. Zdejší první zápas vyzněl pro domácí 11:0 proti týmu Radeberger Sportclub. V tomto období padlo také rozhodnutí přihlásit se do Rakouského fotbalového svazu, protože nebylo možné, aby německo-český oddíl vystupoval a hrál pod saským svazem. Pro zajímavost uvádíme, že například v Děčíně vznikl první fotbalový klub v roce 1903 a byla jim Viktoria Tetschen (Děčín), v Rumburku v roce 1910 DFK Rumburg, v České Lípě roku 1912 DSV Böhmisch Leipa atd.
V polovině roku 1938 se konala ustavující Valná hromada prvního českého fotbalového klubu ve Varnsdorfu, která schválila stanovy a název klubu SK HRANIČÁŘ Varnsdorf. Po druhé světové válce, v říjnu 1945, byla uskutečněna 2.Valná hromada oddílu, obnovena činnost a předsedou byl zvolen pan Václav Kaš, sekretářem pan Rudolf Starý. Ten později po odchodu z Varnsdorfu dlouhou dobu působil jako jeden z řídících členů tehdejšího ČMFS. V roce 1953 převzal oddíl nový název DSO JISKRA ELITE a v témže roce došlo ke sloučení dvou městských oddílů, JISKRY ELITE a JISKRY VELVETA. V létě 1956 zvítězila TJ JISKRA Varnsdorf v přeboru tehdejšího Libereckého kraje a postoupila do divize, dorostenecké družstvo do celostátního přeboru. Ve městě působilo v té době ještě další mužstvo, TJ SPARTAK. A tak v roce 1957 přichází další slučování a byl vytvořen TJ SLOVAN pod patronací MNV. Mužstvo po tříletém působení sestoupilo z divize a opětovně se do ní vrátilo společně s Roudnicí až v sezóně 1968-1969.
Po dalších třech sezónách (červen 1972) vybojoval Slovan historicky první postup do III.ligy (později Národní liga), což byl tehdy největší úspěch varnsdorfské kopané. Po pětiletém působení ( umístění 9., 14., 14., 14., 16. ) mužstvo sestoupilo a od roku 1976 hrálo divizní soutěž. Černou se stala sezóna 1994-1995, v níž tým sestoupil do oblastního přeboru. Po ročním působení však přišel návrat do divize a ve stejnou dobu oddíl kopané vystoupil ze svazku TJ a založil SK SLOVAN VARNSDORF s.r.o. V opětovně získané soutěži 1996-1997 patřil Slovan ke štikám soutěže, postup do ČFL si ale vybojovaly Kralupy. To už v klubu působil jako garant rozvoje varnsdorfské kopané TOS VARNSDORF a.s., světoznámý výrobce vodorovných vyvrtávaček. V sezóně 1997-1998 se podařilo varnsdorfským podruhé v historii klubu postoupit do třetí nejvyšší soutěže a na úvod zde skončili 13. (1998-1999), když za patnáct remíz získali primát nekorunovaného krále plicht v soutěži. V sezóně 1999-2000 skončil Varnsdorf 12., v další pak 14. Sezóna 2001-2002 pak přinesla umístění v podobě 3. místa v ČFL. O rok později (2002-2003) skončili varnsdorfští fotbalisté 4. a v sezóně 2003-2004 obsadili 6. příčku. Největším a historickým úspěchem bylo 2. místo v uplynulé sezóně, kdy klub na jaře z prvního místa dlouho nakukoval do II. ligy, ale postup si nakonec vybojovala Čáslav.
V dosavadní historii působila v oddílu řada hráčů, kteří dříve či později hráli celostátní soutěže, jako např. Karel Prášil, Tonda Smolík, Franta Uldrych, Vlastimil Gabriel, Josef a Petr Sýkorovi, Zdeněk Just, Josef Baulovič, Láďa Šerák, Zdeněk Prchal, Pavel Jirouš, Josef Petřík, Petr Novák, Jiří Ješeta, Tomáš Pilař, Karel Urbánek, Pavel Hradiský, Richard Sitarčík, Jan Kopáňko, Zbyněk Přibyl, Josef Just, Roman Skuhravý nebo na jaře 2005 na hostování získaný kanonýr Josef Obajdin. Ze známých trenérů poslední doby nejdéle třetiligový tým vedli kladenský Stanislav Procházka, liberecký Jiří Štol, teplický Petr Němec a v současné době již třetí sezónu Josef Hloušek (dříve vršovičtí Bohemians, Jablonec atd.) A jako zatím poslední trenér ve třetí lize také „klokan“ Zbyněk Busta.
Po ukončení ročníku 2009-2010 bylo naše mužstvo na celkově 6. místě v tabulce. I přes toto umístění získalo šanci zúčastnit se licenčního řízení pro možnost startu ve 2.lize. V tomto řízení naše vedení uspělo a od ročníku 2010/2011 se hraje ve Varnsdorfu vytoužená 2.liga. V tomto soutěžním ročníku jsme obsadili 12. místo se ziskem 37 bodů.
Jako první trenér ve 2.lize tu byl Zbyněk Busta, kterého vystřídal po třech odehraných kolech Aleš Křeček, který zde působil až do září 2011, když neodolal vábení z Ružomberoku, účastníka Slovenské první ligy. V této době přebral A mužstvo Zdenko Frťala. Umístění v následujících ročnících pod jeho vedením bylo následující: v ročníku 2011/12 jsme skončili na 7. místě se ziskem 42 bodů. Ročník 2012/13 se vyvedl o trošičku lépe než-li ročník předchozí a se 49 body jsme se umístili na 5. místě konečné tabulky. V ročníku 2013/14 jsme nasbírali o dva body méně než v ročníku předchozím, ale i přesto jsme se umístili o stupínek výš, neboť na nás zbylo 4. místo v konečném pořadí.
V ročníku 2014/2015 jsme dosáhli historicky největšího úspěchu fotbalového klubu. Skončili jsme na 2. postupové příčce a dostali možnost postoupit do Synot ligy. Bohužel jsme šanci nevyužili, z důvodů přísných podmínek ohledně technické vybavenosti našeho stadionu. Z týmu odešel do první ligy Radim Breite do FK Teplice a skončil také nejúspěšnější trenér v historii klubu Zdenko Frťala, který se vrátil na Slovensko.
V sezóně 2015/2016 usedl na lavičku Roman Skuhravý, bohužel se mu podzim nevydařil dle představ a byl odvolán. Na jeho místo přišel Roman Veselý, čekali ho záchranářské práce. Na konci sezóny klub skončil na 10. místě se skórem 19:22 a s 19 body. Roman Veselý pokračoval i na začátku letošní sezóny, po serii několika prohraných utkání byl před zimní přestávkou odvolán a nahradil ho staronový kouč Zdenko Frťala.
Od léta 2018 se stal trenérem A mužstva mladý ambiciozní trenér David Oulehla, po podzimní části s týmem umístil na 4. příčce. Sezonu 2018/2019 zakončil tým na 6. místě se 48 body. Trenér Oulehla pokračoval v našem klubu i v další sezoně. Ta už nebyla tak úspěšná, skončili jsme těsně nad sestupovými příčkami s 26 body na 14. místě.17.12.2020 ukončil trenér David Oulehla své angažmá, přijal nabídku trénovat FK Viktorii Žižkov.
22.12.2020 nastoupil jako nový trenér Pavel Drsek s asistentem Martinem Kotyzou. Jako trenér branakářů působí Radek Porcal. V létě Kotyzu vystřídal Petr Papoušek. Sezónu 2021/2022 jsem zakončili na 6.místě s 45 body a skórem 47:35. Nejlepším střelcem se stal Bojan Dordić s 15 zásahy. Tuto sezónu druhou ligu opustil náš dlouholetý rival FK Ústí nad Labem. Po konci letošního ročníku ukončil spolupráci s naším klubem na vlastní žádost trenér Pavel Drsek.